1. 王良卿，1996/12，〈派系政治與國民黨第六次全國代表大會――以第六屆中央執行、監察委員選舉為中心的探討〉，《國史館館刊》復刊第21期，頁137-150。（有審查制度）

2. 王良卿，1997/06-08，〈三青團第二次全國代表大會――以組黨風潮為中心的探討（上、下）〉，《近代中國》第119-120期，頁91-110（上），130-149（下）。

3. 王良卿，1999/06，〈閻錫山與西安事變――地方實力派在事變中的角色個案論〉，《中國歷史學會史學集刊》第31期，頁161-178。

4. 王良卿，2005/07，〈派系與黨國：國民黨政權遷臺初期的CC系及其政治適應，1949-1950〉，《輔仁歷史學報》第16期，頁279-320。（有審查制度）

5. 王良卿，2007/12，〈折射的陰影：戰後國民黨的黨政革新運動（1946-1947）〉，《兩岸發展史研究》第4期，頁171-215。（有審查制度）

6. 王良卿，2012/09，〈情報領袖與派系政治：從國史館新進史料觀察戴笠和CC系勢力的競爭〉，《國史館館刊》第33期，頁119-145。（有審查制度）

7. 王良卿，2015/06，〈中國國民黨改組前後領導制度的轉型（1923-1924）〉，《國史館館刊》，第44期（台北：國史館），頁1-46。【有匿名審查制度，臺灣人文學引文索引核心期刊（2015 THCI Core）】【論文發表形式：紙本】

8. 王良卿，2017/12，〈為黨國祭旗：1950年陳立夫去國的檔案視野〉，《國史館館刊》，第54期（臺北：國史館），頁39-88。【有匿名審查制度，臺灣人文學引文索引核心期刊（2017 THCI Core）】【論文發表形式：紙本】

9. 王良卿，余以澄，2019/06，〈內政部中部辦公室現藏原台灣省政府地政處檔案及其徵集審選研究概述〉，《檔案半年刊》，第18卷第1期（新北：國家發展委員會檔案管理局），頁66-75。

1. 王良卿，1998/01，〈「新人」與「起家」――蔣經國先生的崛起與三民主義青年團〉（臺北：紀念蔣經國先生逝世十週年學術研討會）。

2. 林能士、王良卿，1999/12，〈戰後國民黨人爭取黨內民主化的背景考察〉（臺北：一九四九年：中國的關鍵年代學術討論會）。

3. 王良卿，2002/12，〈派系與黨國：國民黨政權遷臺初期的CC系及其政治適應，1949-1950〉（臺北：中國近代國家的塑造國際學術研討會）。

4. 王良卿，2004/08，〈改造淵源論：1950年國民黨改造運動的內在歷史脈絡〉（上海：“1950年代的中國”學術討論會）。

5. 王良卿，2004/11，〈以黨之名：中國國民黨的改造與改名問題（1947-1950）〉（臺北：冷戰時期海峽兩岸的政經發展學術研討會）。

6. 王良卿，2007/12，〈人子與人臣：戰後家書中的蔣經國和國民黨政治〉（臺中：近代中國國家的型塑：領導人物與領導風格國際學術研討會）。

7. 王良卿，2008/04，〈到總裁之路：國民黨強人領導的復現〉（臺北：回歸歷史的蔣介石研究國際學術研討會）。

8. 王良卿，2008/11，〈派系活動與黨國控制：以黨務改造前的自由中國勞工同盟收編事件為中心〉（日本：戰後臺灣研究的新展開──臺日年輕學者之政治和經濟研究接點研討）。

9. 王良卿，2010/08，〈體制內異議與臺灣威權政治：以1950年代的立法院為中心〉（南投：海峽兩岸近現代政經比較研究國際學術研討會）。

10. 王良卿，2010/12，〈革命與自由：蔣介石與1958年出版法修正案的審議風潮〉（臺北：《蔣中正日記》與民國史研究國際學術討論會）。

11. 王良卿，2011/10/08，〈戴笠與CC：以國史館新進「戴笠史料」為中心〉（臺北：戴笠先生與抗戰時期情報作戰學術研討會）。

12. 王良卿，2011/11/12-13，〈《時代》雜誌（TIME）中的蔣介石與國共關係〉（花蓮：百年求索鑄輝煌――兩岸近現代史學術論壇）。

13. 王良卿，2012/12/01，〈從整黨到清黨：以國民黨領導制度的變化為考察中心（1926-1927）〉（臺北：「現代中國的型塑──蔣介石與現代中國的型塑」研究計畫2012年度工作坊）。

14. 王良卿，2013/06/25-27，〈對於三民主義青年團成立背景的再考察〉（宜蘭：蔣介石與抗戰時期的中國學術研討會）。

15. 王良卿，2013/11/22，〈總裁批簽裡的立法院議題〉（臺北：「新史料、新視野：總裁批簽與戰後中華民國史研究」學術研討會）。

16. 王良卿，2014/5/24，〈戰時國家體制的特質〉（臺北：中國對日抗戰史――研究回顧與展望系列工作坊）。

17. 王良卿，2014/11/9-10，〈柏臺的黨德――從俞鴻鈞彈劾案管窺監察院長于右任的角色分際〉（臺北：「紀念國父孫中山先生149歲誕辰暨于右任先生辭世50週年」國際學術研討會）。

18. 王良卿，2014/11/15-16，〈中國國民黨改組前後領導制度的轉型（1923-1924）〉（中山：「中國國民黨一大暨第一次國共合作成立90週年」學術研討會）。主辦單位：中國社會科學院近代史研究所、中國孫中山研究會。

19. 王良卿，2015/7/7-9，〈中國國民黨總裁制度的戰前醞釀與戰時建立〉（台北：戰爭的歷史與記憶：抗戰勝利七十週年國際學術討論會）。主辦單位：國史館、中央研究院近代史研究所、國立故宮博物院。國際會議。【8日發表。發表地點：台北圓山大飯店。主辦單位：國史館、中央研究院近代史研究所、國立故宮博物院。國際會議。對外徵稿：否。審查制度：無。主持人：陳三井。評論人：呂芳上】

20. 王良卿，2016/04/16-18，〈從「空命」到「總裁」之路――蔣介石日記中的黨務記事及其心境自剖（1926-1938）〉（新北：蔣介石日記與民國史研究回顧學術討論會）。

21. 王良卿，2016/10/29，〈我國行憲後的政黨政治求索之路〉（台北：二元軸線的戰後中華民國史研究研討會）。

22. 王良卿，2017.6.24-25，〈為黨國祭旗：1950年陳立夫去國的檔案視野〉（臺北：「國史館檔案與歷史研究」學術研討會）。

23. 王良卿，2020.12.5，〈釋憲之前：以第一屆立法委員逐年延長行權為中心的討論〉(臺北：現代中國的戰爭、政治與外交工作坊)。

1. 王良卿，1996/06，〈三民主義青年團與中國國民黨關係研究（1938-1949）〉，臺北：國立政治大學歷史學系碩士論文。

2. 王良卿，1998/07，《三民主義青年團與中國國民黨關係研究（一九三八―一九四九）》，臺北：近代中國出版社。（有審查制度）

3. 王良卿，1999/08，〈「新人」與「起家」――蔣經國先生的崛起與三民主義青年團〉，《中國現代史專題研究報告》第20輯，頁339-392，臺北：中華民國史料研究中心。

4. 林能士、王良卿，2000/12，〈戰後國民黨人爭取黨內民主化的背景考察〉，《一九四九年：中國的關鍵年代學術討論會論文集》，頁547-567，臺北：國史館。

5. 王良卿，2003/12，〈動盪中的改革：中國國民黨從「革新」走向「改造」，1945-1950〉，臺北：國立政治大學歷史學系博士論文。

6. 王良卿，2006/08，〈改造淵源論：1950年國民黨改造運動的內在歷史脈絡〉，吳景平、徐思彥主編，《1950年代的中國》，頁413-455，上海：復旦大學出版社。

7. 王良卿，2009/12，〈人子與人臣：戰後家書中的蔣經國和國民黨政治〉，呂芳上主編，《論民國時期領導精英》，頁194-212，香港：商務印書館。

8. 王良卿，2010/04，《改造的誕生》，臺北：國立政治大學歷史學系。

9. 王良卿，2011/04，〈蔣介石和1958年出版法修正案的審議風潮〉，呂芳上主編，《蔣中正日記與民國史研究》（臺北：世界大同出版有限公司），頁671-694。（有審查制度）

10. 王良卿，2012/12，〈情報領袖與派系政治――從國史館新進史料觀察戴笠和CC系勢力的競爭〉，吳淑鳳、張世瑛、蕭李居編輯，《不可忽視的戰場――抗戰時期的軍統局》（臺北：國史館），頁35-61。（有審查制度）（本書係國史館「薪傳專案：戴笠先生史料彙編等三項文獻計畫案」公開發行之結案報告）

11. 王良卿，2013/05，〈美國報刊裡的“Chiang Kai-shek”――對於 Time, Life與The New York Times的基本調查〉，黃克武主編，《海外蔣中正典藏資料研析》，臺北：國立中正紀念堂管理處。（有審查制度）

12. 王良卿，2013/12，〈蔣介石和1958年出版法修正案的審議風潮〉，呂芳上主編，《蔣中正研究論文選輯：蔣中正與民國政治Ⅱ》，臺北：國立中正紀念堂管理處。（已出版論文之新刊）

13. 王良卿，2013/12，〈派系與黨國：國民黨政權遷臺初期的CC系及其政治適應，1949-1950〉，邵銘煌主編，《蔣中正研究論文選輯：蔣中正與黨政關係》，臺北：國立中正紀念堂管理處。（已出版論文之新刊）

14. 王良卿，2015.7，〈國民政府與戰時體制的建立〉，呂芳上主編，《中國抗日戰爭史新編 第三編 全民抗戰》（臺北：國史館），頁27-54。ISBN: 978-986-04-4938-9（有審查制度）【論文發表形式：紙本】

15. 王良卿，2015.11，〈柏臺的黨德：從俞鴻鈞彈劾案管窺監察院長于右任的角色分際〉，《孫中山與于右任：革命˙書學藝術》（臺北：國立國父紀念館），頁97-114。ISBN: 9789860463125。【論文發表形式：紙本】

16. 王良卿，2015.12，〈中國國民黨總裁制度的戰前醞釀與戰時建立〉，呂芳上主編，《戰爭的歷史與記憶2 戰時政治與外交》（臺北：國史館），頁211-234。ISBN: 978-986-04-6566-2（有審查制度）【論文發表形式：紙本】

17. 王良卿，2017.12，〈政黨政治的追尋與實踐〉，許志雄、薛化元主編，王良卿等作，《中華民國憲法七十年》（臺北：國立中正紀念堂管理處），頁441-497。ISBN: 978-986-05-4774-0（有審查制度）【論文發表形式：紙本】

18. 王良卿，2019.8，〈從「空命」到「總裁」-蔣介石日記中的黨務記事及其心境自剖（1926-1938）〉，羅敏主編，《在日記中找尋歷史》（北京：社會科學文獻出版社），頁3-28。

19. 王良卿，2020.10，〈第五章 學生活動與社團╱第一節 全校性重要活動〉，國立暨南國際大學歷史學系編著，《暨南之心․懷抱千里：國立暨南國際大學二十五年校史》(埔里：國立暨南國際大學)，頁281-306。ISBN: 978-986-98411-3-9【發表形式：紙本】

20. 王良卿，2020.12，〈通往「總裁」之路：蔣介石日記中的黨務記事及其心境自剖(1926-1938)〉，呂芳上主編，《日記與民國史事》(臺北：政大出版社)，頁21-47。ISBN: 9789869954440（有審查制度）【論文發表形式：紙本】

21. 王良卿，2023/10，〈1948／金陵王氣黯然收〉，呂芳上主編，《尋找自己的蔣中正：1948-1954日記解讀》(台北：民國歷史文化學社)，頁35-47。ISBN：9786267370186

■ 計畫案

1. 王良卿，2006-2007，國史館國家歷史資料庫「憲政與地方自治」專題建置案，共同作者。（有審查制度）

2. 王良卿，2009，國立中正紀念堂「蔣中正史料研究與應用」案之「海外蔣中正典藏資料研析」子案，共同撰稿人。（有審查制度）

3. 王良卿，2010/08/01-2011/07/31，國科會補助專題研究計畫，「南京十年的黨務整理運動」，計畫主持人，計畫編號：99-2410-H-260-031。（有審查制度）

4. 王良卿，2010/10/08-2012/03/31，國史館「薪傳專案：戴笠先生史料彙編等三項文獻計畫案」，協同主持人。

5. 王良卿，2012，國立政治大學人文研究中心「現代中國的形塑」案之「蔣介石與現代中國的形塑」子案，計畫撰寫人。（有審查制度）

6. 王良卿，2013，國立政治大學人文研究中心「現代中國的形塑」案之「蔣介石與現代中國的形塑」子案（第二年），計畫撰寫人。（有審查制度）

7. 王良卿，2014/8/1-2015/7/31，國立暨南國際大學教師升等專案學術研究補助計畫「國民黨改組時期領導制度析論」。計畫內擔任之工作：計畫主持人。（核定金額：108,440元）

8. 王良卿，2014，國立政治大學人文研究中心「現代中國的形塑」案之「蔣介石與現代中國的形塑」子案（第三年），計畫撰寫人。（有審查制度）

9. 王良卿，2015，國立政治大學人文研究中心「現代中國的形塑」案之「蔣介石與現代中國的形塑」子案（第四年），計畫撰寫人。（有審查制度）

10. 王良卿，2017，國家發展委員會檔案管理局「台灣省政府及其原所屬機關檔案調查及審選委託研究案」。計畫內擔任之工作：協同主持人。【有審查制度】

11. 王良卿，2018，國家發展委員會檔案管理局「台灣省政府原所屬機關（地政處及糧食處）檔案審選委託研究案」。計畫內擔任之工作：協同主持人。【有審查制度】

■ 書評

1. 王良卿，2011/03，〈評介任育德著《向下紮根：中國國民黨與臺灣地方政治的發展（1949-1960）》〉，《國史館館刊》，第27期（臺北：國史館），頁165-177。（有審查制度）

■ 其他

1. 王良卿，2017，〈推薦：部落│對話〉，「2017臺灣國際民族誌影展」，https://www.tieff.org/reviews/部落│對話/