1.　蔡思薇，2022，〈治理殖民地自然：臺灣有用植物調查之展開〉，《臺灣史研究》，第29卷第2期，117-174。

2.　蔡思薇，2021，〈林俊聰先生訪談紀錄〉，《臺灣口述歷史學會會刊12期》（改版第6期），1-10。（鄭麗榕、蔡思薇、賴英泰、李京屏合著）

3.　蔡思薇，2019，〈植物知識、保存與流轉：兼論金平亮三與威理森的臺灣記憶〉，《歷史臺灣：國立臺灣歷史博物館館刊》17，179-198。

4.　蔡思薇，2018，〈マリモの和名考〉，《北方山草》，（北海道：北方山草会），59-62。（蔡思薇、佐藤広行合著）

1.　蔡思薇，2018，〈殖民地博物學研究回顧及其挑戰〉，中央研究院臺灣史研究所，臺灣史的回顧與展望研討會。

2.　蔡思薇，2018，〈帝國的科學實作：以臺灣杉的發現為例(1904-1911)〉，中央研究院歷史語言研究所，「帝國與島嶼」學術研討會

3.　蔡思薇，2014，〈發現新世界：臺灣有用植物調查（1905-1910）〉，臺灣史青年學者國際學術研討會。

1.　川上瀧彌著；蔡思薇譯，2020，《椰子的葉蔭》，臺北：林業試驗所。

2.　蔡思薇，2018，〈川上瀧彌の足跡〉《マリモの発見命名者：川上瀧彌の業績と今日的意義》，北海道：釧路市出版。（蔡思薇、許毓純合著）

3.　蔡思薇，2017，〈日治時期臺灣公園制度初探：從規則與財政的角度分析〉，《文化資產保存回顧學術研討會論文集》，臺北：國立臺北藝術大學建築與文化資產研究所、臺灣文化資產學會，頁101-112。

4.　蔡思薇，2011，〈始政四十周年臺灣博覽會的籌備與善後—以臺北主要會場為主(1933-1936)〉，《跨域青年學者臺灣史研究第四集》，臺北：稻香出版社，頁509-543。

5.　蔡思薇，2010，《風景的想像力—板橋林本源園邸的園林》，板橋：臺北縣政府。（李瑞宗、蔡思薇合著）

6.　蔡思薇，2023/02，〈走向世界之路：早田文藏與臺灣杉的發現〉，《圖像裡的臺灣史》，臺北：麥田，頁180-199。

■ 技術報告

1.　蔡思薇，2016，〈世界的橡膠熱潮在新竹：以殖產局附屬新竹護謨苗圃為主（1906-1920）〉，客家學術研究報告，客家委員會。

■ 其他文章

1.　蔡思薇，2021，〈金平亮三：把名字寫在水裡，烏來杜鵑的幻滅與永恆〉，《薰風》15，48-55。

2.　蔡思薇，2021，〈川上瀧彌：登頂新高山，開啟臺灣博物學時代〉，《薰風》15，62-67。

3.　蔡思薇，2021，〈如果公園沒有人：漫談桃園大溪公園〉，《新活水》，18-21。

4.　蔡思薇，2019，〈說出自然的名字：臺灣博物學的輸入與建構〉，《臺灣學通訊》，第114期，頁4-7。

5.　蔡思薇，2015，〈松龍生在臺灣：川上瀧彌資料的新視點〉，《臺灣博物》34：3（2015），頁20-27。

6.　蔡思薇，2013，〈臺灣民主國之旗：一面國旗的身世與故事〉。《臺灣博物》31（4）：40-43。

7.　蔡思薇，2011，〈日治時期臺灣物產展示的緣起〉，《臺灣學通訊》，第47期，頁6-7。