1.　蔡思薇，〈マリモの和名考〉，《北方山草》（北海道）35（2018.3），頁59-62。（蔡思薇、佐藤広行合著）

2.　蔡思薇，〈植物知識、保存與流轉：兼論金平亮三與威理森的臺灣記憶〉，《歷史臺灣：國立臺灣歷史博物館館刊》，（臺北）17（2019.5），頁179-198。

3.　蔡思薇，〈林俊聰先生訪談紀錄〉，《臺灣口述歷史學會會刊12期》（改版第6期）（雲林）6（2021.12），頁1-10。（鄭麗榕、蔡思薇、賴英泰、李京屏合著）

4.　蔡思薇，〈治理殖民地自然：臺灣有用植物調查之展開〉，《臺灣史研究》（臺北）29：2（2022.6），頁117-174。

5.　Chih-Chieh Yu, Ko Mochizuki, Shuichi Nemoto, Szu-Wei Tsai, Pei-Chun Liao, and Chien-Ti Chao,“Systematics of Anaphalis of Taiwan I: resurrection of A. nagsawae (Compositae: Gnaphalieae) with recognition of two varieties”, Nordic Journal of Botany, (Taipei) 2024: 11(September 2024).

1.　蔡思薇，2014/3/18，〈發現新世界：臺灣有用植物調查（1905-1910）〉，臺北：中央研究院台灣史研究所、國立政治大學台灣史研究所、日本東京大學總合文化研究科、日本一橋大學大學院言語社會研究科合辦「2014年臺灣史青年學者國際學術研討會」。

2.　蔡思薇，2018/11/16，〈帝國的科學實作：以臺灣杉的發現為例(1904-1911)〉，臺北：中央研究院歷史語言研究所主辦「帝國與島嶼」學術研討會。

3.　蔡思薇，2018/12/7，〈殖民地博物學研究回顧及其挑戰〉，臺北：國立政治大學台灣史研究所、國立台灣師範大學臺灣史研究所、中央研究院台灣史研究所、國立臺灣歷史博物館合辦「2016-2017臺灣史的回顧與展望研討會」。

4.　蔡思薇，2023/11/17，〈日本命名脈絡下的臺灣植物文化：以伊藤篤太郎的臺灣植物為例〉，台南：國立成功大學主辦「不獨具人類的歷史」世界史國際學術研討會。

1.　蔡思薇、李瑞宗合著，《風景的想像力—板橋林本源園邸的園林》（板橋：新北市政府文化局，2010）。

2.　蔡思薇，〈始政四十周年臺灣博覽會的籌備與善後—以臺北主要會場為主(1933-1936)〉，《跨域青年學者臺灣史研究第四集》（臺北：稻香出版社，2011），頁509-543。

3.　蔡思薇，〈日治時期臺灣公園制度初探：從規則與財政的角度分析〉，收入黃士娟主編，《文化資產保存回顧學術研討會：林會承教授榮退紀念論文集》（臺北：國立臺北藝術大學建築與文化資產研究所、臺灣文化資產學會，2017），頁106-116。

4.　川上瀧彌著；蔡思薇譯，《椰子的葉蔭》（臺北：農業部林業試驗所，2020）。

5.　蔡思薇，〈走向世界之路：早田文藏與臺灣杉的發現〉，《圖像裡的臺灣史》（臺北：麥田，2023），頁180-199。

■ 技術報告

1.　蔡思薇，2015/04，〈世界的橡膠熱潮在新竹：以殖產局附屬新竹護謨苗圃為主（1906-1920）〉，客家學術研究報告，客家委員會。

■ 其他文章

1.　蔡思薇，〈日治時期臺灣物產展示的緣起〉，《臺灣學通訊》，（新北）47（2010.7），頁6-7。

2.　蔡思薇，〈臺灣民主國之旗：一面國旗的身世與故事〉，《臺灣博物》（新北）116（2012.12），頁40-43。

3.　蔡思薇，〈松龍生在臺灣：川上瀧彌資料的新視點〉，《臺灣博物》（新北）127（2015.9），頁20-27。

4.　蔡思薇，〈說出自然的名字：臺灣博物學的輸入與建構〉，《臺灣學通訊》（新北）114（2019.11），頁4-7。

5.　蔡思薇，〈金平亮三：把名字寫在水裡，烏來杜鵑的幻滅與永恆〉，《薰風》（台中）15（2021.1），頁48-55。

6.　蔡思薇，〈川上瀧彌：登頂新高山，開啟臺灣博物學時代〉，《薰風》（台中）15（2021.1），頁62-67。

7.　蔡思薇，〈如果公園沒有人：漫談桃園大溪公園〉，《新活水》（臺北）26（2021.11），頁18-21。

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